Das Funktionsprinzip der Stockmühle ist so einfach wie genial. Die Antriebsanlage besteht nur aus zwei Teilen. Einem waagrecht laufenden Wasserrad (Flutter) und einer in diesem befestigten senkrechten Welle. Das Ganze wird als "Stock" bezeichnet. Der Stock ist ohne Getriebe direkt mit dem Läuferstein, dem oberen Stein des Mühlsteinpaares, verbunden. Sobald das Wasser über den Zulauf auf das horizontale Wasserrad trifft, wird dadurch der Stock angetrieben. Der verbundene Läuferstein beginnt sich gegen sein festes Pendant ("Leger") zu drehen. Das Korn wird zwischen den beiden Granitsteinen gemahlen.
Schematische Abbildung eines Stocks mit Mühlsteinen und Getreidetrichter.
Zusätzliche Mechanismen in der Mühle ermöglichen weitere Funktionen: